Ján Budaj este om politic, unul dintre fondatorii mișcării Societatea Împotriva Violenței, înființată în 1989. În perioada comunistă a fost un membru activ al opoziției culturale și politice. În perioada 1971-1989 a fost în mod repetat interogat și închis, a fost de asemenea dat afară de la universitatea, unde își făcea studiile de matematică și fizică; în anii 1976-1989 a lucrat în calitate de fochist și muncitor. Este coautorul volumului Bratislava/nahlas, considerat a fi un pas important în lupta cu regimul din Slovacia. În noiembrie 1989 Budaj a devenit unul dintre liderii Societății Împotriva Violenței, pe care a condus-o mai târziu, în calitate de președinte, la victoria în alegerile din 1990.
În perioada 1991-1993 a fost publicist independent și editor, apoi s-a reîntors la politică. În perioada 1997-1998 a fost unul dintre principalii activiști care a militat pentru intrarea Slovaciei în NATO și aderarea ei la Uniunea Europeană. A activat de asemenea pentru apărarea democrației și a constituționalității sistemului politic. După câștigarea alegerilor în 1998 a devenit președintele Comitetului pentru Cultură și Mass-media (1998-2002). Apoi s-a concentrat asupra politicii ecologice. Începând cu anul 2006 lucrează în cadrul autorităților locale ale Bratislavei.